Im Jahre 1135, wurde Zirgesheim bei der Gründung des Klosters Kaisheim erstmals in der Gründungsurkunde durch den Vertreter des Zirgesheimer Ortsadels, Rupracht von Iringishaim erwähnt. Die Besiedelung liegt jedoch viel weiter zurück. Bereits während der Eiszeit durchstreiften altsteinzeitliche Jägernomaden die Jurahöhen und das Donautal, darunter sicherlich auch die Gemarkung Zirgesheim. Jugsteinzeitliche funde (5000-2000 v. Chr.) belegen die Siedlungstätigkeit der ersten Ackerbauern. Funde von Tonscherben und Hornsteingeräten in der Flur Wichtelesberg sowie eine schön geschliffene Steinaxt aus der ehemaligen Kiesgrube östlich von Zirgesheim sind Zeugen dieser Zeit. Aus der nachfolgenden Bronzezeit (2000 – 8 Jh. v. Chr.) sind ebenfalls Keramikfunde sowie urnenfeldzeitliche Bestattung nördlich des Tannenbergs dokumentiert. Die frühe Eiszeit (Hallstattzeit 8. Jh. – 5. Jh. v. chr) ist ebenfalls durch Bodenmerkmale und zwar Grabhügelgruppen in den Waldabteilungen „Groner“, „Bergle“, „Oberes Kreutle“, „Unteres Kreutle“ sowie „Regelholz“ belegt. Die nachfolgende keltische Kulturepoche der späten Eisenzeit (La-Tene-Zeit, 5. Jh. – 15. v. Chr. ) ist durch einen qualitätvoll gearbeiteten Mahlstein nachgewiesen, der ebenfalls aus der Kiesgrube östlich des Dorfes stammt und heute mit vielen weiteren Funden im Archäologischen Museum Donauwörth besichtigt werden kann.
Vor 2000 Jahren, im Jahre 15 vor Chr., eroberten und besetzten Römer das Voralpenland und die Gebiete bis zu Donau. Am westlichen Rand der Zirgesheimer Flur wurden bei Erdarbeiten im Zuge von Baumaßnahmen umfangreiche Römische Gebäudereste, vermutlich die eines römischen Brückenkopfes aus dem 1. bzw. 2. Jh. n.Ch.r, am nördlichen Donauufer freigelegt. Mit dem Niedergang des römischen Reiches drangen erstmals in der Mitte des 3. Jh. n. Chr. Alemannen in die Donauregion vor. Im 4., 5. und 6. Jahrhundert erfolgten die ersten germanischen Dorfgründungen, wobei Ortsnamen die auf –ingen enden alemannischer und solche die auf –heim enden, fränkischer Besiedlung zugeordnet werden. Aus dieser Ursiedlung des 6. bis 7. Jh. n. Chr. entwickelte sich das frühmittelalterliche Dorf Zirgesheim, wobei die Ursprünge der ältesten Familien frühestens bis in diese Zeit zurückreichen können.
Mit der ersten urkundlichen Erwähnung des Ortes im Jahre 1135 tritt Zirgesheim aus dem schriftlosen dunklen Jahrhunderten des frühen Mittelalters in die Zeit der geschriebenen Geschichte ein. In den nun beginnenden schriftlichen Aufzeichnungen des zwölften Jahrhunderts begegnet uns jeder eingangs erwähnte Rupracht von Iringishaim im Jahre 1135 in der Gründungsurkunde des Klosters Kaisheim. Außerdem ist er urkundlich als Zeuge bei einer Schenkung der Edelherren Wolftriegel und Tiemo von Fronhofen an das Stift Berchtesgaden benannt. Auch im folgenden 13. Jh. erhält sich der Name Iringisheim neben dem immer gebräuchlicher werdenden Zirgesheim. Ein Decanus de Ciringishaim ist im Jahr 1123 Zeuge des Grafen Berchtold von Lechsgemünd bei einer Verkaufsverhandlung für das Kloster „Kaisersheim“. Am 17. November 1284 bezeugt Sifridius viceplebanus de Iringishaim einen Besitzwechsel des Klosters Weihenberg bei Wertingen. Am 25. Mai 1296 wird auf dem Schloss Lechsgemünd von einer „soror Hedwigis de Ziringisheim“, wahrscheinlich einer Nonne zu Niederschönenfeld, dem Kloster Kaisheim ein Hube in Flotzheim ( Flabshaim) verkauft, wobei „Conradis villicus de Ziringisheim“ ( der Maier von Zirgesheim) als Zeuge zugegen war. Heinz und Konrand von Zirgesheim werden im „Steuerbuche von Augsburg“ aus dem Jahre 1316 erwähnt. Sie hatten als Pacht für Hochstiftshöfe jährlich ein Pfund Pfennig an den Bischof von Augsburg zu entrichten. Eine Urkunde vom 6. März 1320 spricht von der Vogtei zu Mandelberach, die Bertold Graf von Neyffen an Dietlein von Cirensheim überlassen und die Kaiser Ludwig I. seinem getreuen Dietlein von Cirensheim bestätigt hat.
Im 13. Jh. beginnt sich bereits der Niedergang des Geschlechtes der Irinigishaimer abzuzeichnen. 1279 finden wir erste Meldungen über Marschalkischen Besizt zu Ziringishaim, in welcher die Reichs-Marschalken Heinrich und Hildebrand von Pappenheim eine Güterteilung vornahmen. Damals schienen sie über Güter in Ziringishaim im Streite mit Heinrich von „Lauingen“ gestanden zu sein. Der Güterbesitz, welchen die Marschalken von Pappenheim-Biberbach als Zugehöride ihrer Amtslehen vom Reiche genossen, war sehr umfangreich. Zu diesem Besitz gehörten Kirchensatz und Zehente, der Maierhof mit fünfundzwanzig Sölden und mehreren Holzmarken. In die Zeit des Marschalkischen Besitzes zu Zirgesheim dürft auch der Verfall der Iringisburg (Zeisigburg) datiert werden. Die alte Burg soll durch ein neuerbautes Schloß in der Nähe des Friedhofes ersetzt worden sein. Der Hinweis von Pfarrer Neummeyer 1668, die Donauwörther besäßen als Inhaber des Dorfes ein völlig zerstörtes Schloß, düfte dies untermauern.
Die Güter der Reichs-Marschalken von Pappenheim-Biberbach in Zirgesheim blieben bis Mitte des 15. Jh. ungeteilt in deren Eigentum. Damals hatte Anna von Biberbach, die Gemahlin des Erasmus von Biberbach, auf einigen Besitz in Zirgesheim Ansprüche, denn es waren ihr Güter im Orte zum Heiratsgute und zur Morgengabe verschrieben. Ihre Tochter Hilaria, von der es auch ein Dorfsage gibt, verehelichte sich mit Jörg von Gumppenberg und verzichtete auf die Hinterlassenschaft ihres Vaters mit Ausnahme von Zirgesheim. Die Schulden des seligen Erasmus von Biberbach übernahm laut Urkunde vom 25. Februar 1466 sein Sohn Erkinger, der die Verzichleistung seiner Schwester Hilaria veranlasst hatte. Als aber Ann, Marschalking von Biberbach, die letzte Besitzerin dieser Güter gestorben war, teilte Ihre Erben, nämlich ihr Sohn Enkinger, ihre Töchter Veronika und Knöringen, Witwe, und Ann von Frauenhofen sowie ihre Schwiegersöhne, Wofhart von Knöringen und Wolfgang von Gumpenberg das ganze Besitztum in zwei Hälften. Sie verkauften demnach die eine Hälfte, nämlich den „halben Kirchensatzt samt dem Gerichte, dem Maierhofe und Aderem“, an Freiherr Hans Schenk von Schenkenstein, aus dem Geschlecht der Schenkensteiner, auf das das Zirgesheimer Wappen und auch die Beziehung der Hauptstraße unseres Dorfes zurückzuführen ist. Die Erben des Besitzes der Biberacher Marschalken verkauften auch die andere Hälfte des Erbteiles, nämlich die zwiete Hälfte des Kirchensatzes samt dem großen Zehenten von Zirgesheim und einigen Holzmarken am 11. Juni 1476 an die Pfleger des Hospitals zu Donauwörth für fünfhundert rheinische Gulden. Eine Abschrift der Urkunde befindet sich im Archiv der Stadt Donauwörth.
Hans Schenk von Schenkenstein verkaufte später seinen Besitzt in Zirgesheim an Ulrich Albersdorfer, einen Rentmeister Herzog Georgs von Bayern-Landshut. Albersdorfer wiederum veräußerte seine Güter und Rechet in Zirgesheim für vierzehnhundert Gulden gleichfalls an das Hospital zu Donauwörth (Eintrag im Salbuch des Hospitals B1.7). In der ersten Hälfte des 16. Jh. besaß auch Leonhard Maier, Bürger zu Augsburg, Güter in Zirgesheim, für welche im Pfalzgraf Otto von Neuburg das Hofmarksrecht verlieh. Leonhard Maier veräußerte seinen Besitz zu Zirgesheim an „Die Groner“ zu Ulm. Die Brüder Jakob, Hans und David, „Die Groner“, verkauften dann am 22. Juni 1553 mit Bewilligung des Pfalzgrafen von Neuburg, den Besitz und ihr Hofmarksrecht zu Zirgesheim samt allen Stücken und Güter, die dazu gehörten, als frei und Eigen, die beiden vom Hochstifte Augsburg lehenbaren Höfe ausgenommen, für 4400 Gulden ebenfalls an das Hospital zu Donauwörth.
Auf diese Weise war das Hospital zu Donauwörth in den Besitz des gesamten Kirchensatzes und des Großzehnten gelangt. Es war endlich im Genuß fast der ganzen Gundbarkeit des Dorfes. Es hatte im Dorf die Rechte einer pfälzischen Hofmarke mit Niedergericht auf seinen Gütern erworben. Die Landeshoheit und „Criminal-Obrigkeit“ dagegen, von der Grafschaft Lechsgemünd-Greifsbach herrührend, wurde von den Pfalzgrafen Neuburg ausgeübt. Da Zirgesheim im Gebiet der Grafschaft Lechsgemünd lag, wurden die Grafschaftsrechte auch von den Grafen Lechesgemünd-Greifsbach ausgeübt. Der Ort musste die Geschicke der Grafschaft eilen, wurde also mit derselben im Jahre 1342 dem Herzogtum Bayern einverleibt. Von 1392 an, von den Herzögen Bayer-Ingolstadt in Besitz genommen, fiel es im Jahr 1447 and die Herzöge von Bayer-Landshut, gelangte nach aussterben derselben im Jahre 1505 an das neugegliederte Fürstentum von Pfalz-Neuburg um im Jahr 1777 wieder an Bayern. Mit Pfalz-Neuburg wurde Zirgesheim unter Otto Heinrich im Jahre 1542 protestantisch, unter Wolfgang Wilhelm aber anno 1616 wieder katholisch.
Nach dem Tod des letzten lutherischen Prädicanten Lorenz Donner wurde am 27. Febr. 1616 wieder der erste katholische Pfarrer, Johannes Riedens, vom Donauwörther Stadtmagistrat für die Gemeinde Zirgesheim vorgestellt und somit die lutherische Periode beendet. Von den ersten Kriegshandlungen des Dreißigjährigen Krieges, ab dem schwedischen Einfall im Jahre 1632, war das Dorf dreißig Jahre verwüstet. Die Felder lagen Brach. Erst im Jahre 1663, nach der erneuten Besiedlung des Ortes und nach dem der Pfarrhof von Grund auf neu errichtet worden war, erhielt Zirgesheim wieder einen eigenen Pfarrer. Von den alten Pfarreien an der Donau, die ehemals zum Landeskapitel Donauwörth gehörten, bleib nur Zirgesheim in diesem Kapitelbezirk. Die Pfarrei, die auf ein ehrwürdiges Alter von über 700 Jahren zurückblicken kann, wurde nachweislich bereits im Jahre 1284 vom Pfarrverweser Sigfrief von Iringishaim vertreten. Er war es auch, der die damaligen pfarrlichen Verrichtungen besorgte.
Die Pfarrkirche, im westlichen Teil des Dorfes auf einer kleinen Anhöhe erbaut, ist von einem Gottesacker umgeben und der hlg. Maria geweiht. Die Gemeinde feiert ihr Patroziniumsfest am Tag der Unbefleckten Empfängnis. Die Kirche, zunächst nur Turm und Kirchenschiff, dürfte im späten 13. Jahrhundert erbaut worden sein. Sie wurde im romanischen Baustiel errichtet. Der Chor dagegen, ein gotischer Bau, wurde erst rund 200 Jahre später angegliedert. Die Sakristei kam schließlich erst zum Ende des 17. Jh. hinzu.
Mit Beginn des 19. Jh. gingen mit der Auflösung der Klöster Hlg. Kreuz und Kaisheim große Flächen in privaten oder städtischen Besitz über. Der Zugang dieser Flächen wirkte sich auch auf die Gemeinde Zirgesheim durchaus positiv aus. Die Landwirtschaft, begünstigt durch die fruchtbaren Böden und das milde Klima, erlebte einen neuen Aufschwung, von dem das ganz Dorf profitierte.
Im Süden von der Donau, im Norden von den Ausläufern des Jura eingeengt, kam Zirgesheim für größere industrielle oder gewerbliche Ansiedlung nicht in Betracht. Das Dorf konnte bis zum heutigen Tage seinen ländlichen Charakter bewahren. Die beiden Baugebiete am nordöstlichen und östlichen Rand der Kerngemeinde entstanden nach dem zweiten Weltkrieg und wurden zur neuen Heimat für viele Heimatvertriebene aus Böhmen, Schlesien und dem Sudetenland.
Unter der Regie des in der Zeit von 1956 bis 1971 amtierenden Bürgermeisters, Herrn Ottmar Metschel, konnte der Bau der Wasserleitung, der Schulhausneubau, das Asphaltieren der Dorfstraßen und die Erstellung der Straßenbeleuchtung durchgeführt werden. Weitere große Veränderungen, wie die Flurbereinigung, der Bau der Umgehungsstraße, die Friedhofserweiterung, ebenso der Ausbau des Stillbergweges, müssen der unermüdlichen Tätigkeit von Ottmar Metschel zugerechnet werden. Er war es auch, der die Vorreiterrolle übernahm, als die Eingemeindung Zirgesheims zur Stadt Donauwörth zur Debatte stand. Mit sachlicher und fundamentaler Argumentation überzeugte er seine Bürger 1971 von der Notwendigkeit der Gebietsreform und den Vorteilen der Integration. Die Bürger Zirgesheims, der Fürsorge ihres Bürgermeisters um das Wohl der Gemeinde durchaus bewusst, votierten schließlich mit großer Mehrheit für die Verbindung mit der Kreisstadt Donauwörth. So war es Ottmar Metschel vorbehalten, Zirgesheim als ersten Stadtteil in die Verwaltungsgemeinschaft einzubringen. Bereits unter der Obhut der Stadt Donauwörth, konnte anschließend im Osten des Dorfes ein neues Baugebiet erschlossen werden. In diesem Bauabschnitt entstand ein völlig neue Siedlung, die sich harmonisch dem Dorfbild anpasst.
Am 23. Juni 1975 verwüstete ein verheerendes Unwetter Teile des unteren Dorfes. Schäden an Maschinen, Gebäuden und große Tierverluste waren die Folgen. Große Wassermassen ergossen sich auch über die Donautalstraße in die angrenzenden Felder und verursachten beträchtliche Ernteverluste. Ein weiteres schweres Gewitter, zehn Jahre später erreichte, Gott sei’s gedankt, nicht diese Dimension.
Zu Zirgesheim gehören die Höfe Lederstatt, der ehemalige Schellenberg Hof, die beiden Schießerhöfe und der Stillberghof. Die Erwähnung Lederstatts erfolgte erstmals anläßlich der Urgründung des Klosters Hlg. Kreuz Mitte des 11. Jahrhunderst. Schriftlich trat Lederstatt zum ersten Mal in einer Urkunde des Bischofs Konrad von Augsburg im Jahr 1167 in Erscheinung. Die Urkunde beinhaltet, dass Pfarrer Eberwein zu Berg an den Abt Theoderich von Hlg. Kreuz zu Wird, seinen Zehnenten zu Lederstatt vertauschte. Das Kloster Heilig Kreuz hatte den Hof als Austattungsgut von den Herren von Werd empfangen und behielten ihn bis zu seiner Auflösung (Säkularisation) im Jahre 1803. Als nachfolgender Besitzer im 19. Jh. sind uns überliefert : Simon Martin Zimmerbauer in Lederstatt, Michael Kapfer Jungbauer-Lederstatt und Josef Neubauer-Lederstatt. Der Landeshoheit nach gehörte der Hof zu Bayern; ab 1505 aber zu Pfalz-Neuburg.
Der Schellenberger Hof gehörte in ältesten Zeiten der Bischofskirche zu Augsburg, die ihn jedoch weiter verlieh, zuletzt an den Bürger Gerum von Wird, welcher dann den Hof mit Genehmigung des Bischofss Hartmann von Augsburg (1248-1286) an das Deutsche Haus in Werd veräußerte. In dessen Besitz blieb er bis zur Aufhebung des Ordens 1806. Der Schießerhof, der auch Hungerstatterhof oder Hungerstallhof genannt worden war, muß ebenfalls den ältesten Gehöften Zirgesheims zugeordnet werden. Bereits im Jahre 1344 veräußerte Berchtold der Winter, Bürger zu Wird, den Hof dem Kloster Heilig Kreuz, wo er bis 1803 verblieb. Als erster Besitzter nach der Säkularisierung ist uns ein gewisser Michael Kapfer bekannt, der den Hof erworben und weiter bewirtschaftet hat. Der untere Schießerhof wurde 1913 vom oberen Schießerhof als Erbteil abgespalten und ist seitdem im Familienbesitz.
Der Urfarhof war in alter Zeit Eigentum des Hochstiftes Augsburg. Von den Bischöfen wurde er zum Amtslehen ihrer Erb-Marschalken gelegt, von diesen aber als Afterlehen an das Spital zu Donauwörth weiterverliehen. Der Hof liegt jenseits der Donau und war durch eine Fähre mit der Pfarrei Zirgesheim verbunden. Die Fähre war unter anderem notwendig, um die Gläubigen von Unterhamlar, bestehend aus sechs Häusern, für den Kirchgang nach Zirgesheim über die Donau zu bringen. Der Fährbetrieb war jedoch immer wieder durch Hochwasser, Eisgang und runinierte Brücken verhindert. Die Kirchgänger mussten dann den zeitraubenden und beschwerlichen Umweg über Donauwörth nehmen. Zur Nachtzeit war auch dieser Weg nicht möglich, da die Stadt Donauwörth bei Nacht gesperrt war. Schließlich wurde Unterhamlar im Jahr 1740 vom Ordinariat nach Asbach eingwiesen
Der Eisachhof, ostwärts des Urfarhofes gelegen, wurde im dreißigjährigen Krieg verwüstet und nicht mehr aufgebaut. Der Peterhof oder Hinterer Schellenberger Hof war bis 1803 im Besitz des Klosters Hlg. Kreuz. Anschließend wurde er von einem Benedikt Wirth bewirtschaftet und 1850 abgebrochen. Der Vordere Schellenberger Hof (Felixbauer), war bis 1803 in Besitz des Klosters Kaisheim. Anschließend wurde er von Mathias Hofer und weitere privaten Nutzern bewirtschaftet. Nach dem zweiten Weltkrieg gehörte er der Familie Loeffellad. Diese verkaufte den Großteil der landwirtschaftlich genutzten Fläche, um die Ansiedlung der Bundeswehr und die Wohnraumbeschaffung in der heutigen Parkstadt und der Dr.-Loeffelad-Siedlung zu ermöglichen. Der Stillberghof ist östlich des Dorfes auf einer Anhöhe, dem Donauberg, angesiedelt. Der Hof dürfte in früherer Zeit Teil der Besitzungen gewesen sein, die dem Augsburger Bürger Leonhard Maier gehörten und später an die Groner verkauft wurden. Das an die Felder des Hofes grenzende Waldstück mit dem noch heute gebräuchlichen Namen Groner und die Gronerstraße könnten die Überlieferung bestätigen. Auch im Roweiler (Rohen Wyler) hat es in frühester Zeit eine Hofstelle gegeben, über die jedoch wenig bekannt und heute als Ackerland genutzt wird. In dem aus dem 13. Jahrhundert stammenden Heberegister von Kloster Heilig Kreuz ist von einem Rothenweiler die Rede. In einem Salbuch des Klosters Waldsassen steht geschrieben: „item Rothenwyler, der gelegen ist bei Lederstatt, gibt 1 libr. Heller“. Das Kloster Waldsassen hatten neben Rechten in anderen Orten unserer Gegend auch Rechte auf Abgaben in der Gemarkung Zirgesheim. Die Ortsbezeichnung Rohen Wyler, Rothenweiler und Rothenwyler dürften mit dem heuten Rohweiler identisch sein.